O manejo fitossanitário da pitaya deve ser essencialmente preventivo, baseado no monitoramento constante do pomar, uso de mudas sadias e manutenção do equilíbrio nutricional das plantas. Entre as principais doenças, são comuns problemas causados por bactérias e fungos como antracnose (Colletotrichum spp.), podridões de cladódios e frutos, e manchas bacterianas, geralmente associadas a condições de alta umidade e manejo inadequado. Uma doença que tem dizimado alguns pomares em algumas regiões do Brasil é o cancro da pitaya, causado pelo fungo Neoscytalidium dimidiatum. Entre as principais pragas associadas à cultura destacam-se os percevejos, abelha arapuá, pulgões e cochonilhas, além de formigas, cupins e ácaros que podem causar danos diretos ou favorecer o aparecimento de doenças.
Principais doenças e pragas que acometem as pitayas.
Para diminuir os problemas com as pragas e doenças, recomenda-se a adoção dos princípios do manejo integrado de pragas e doenças, ou seja, um combinação de diferentes métodos de controle (cultural, biológico, genético e químico), priorizando práticas culturais, uso de material.propagativo de qualidade e controle biológico. A pitaya é considerada uma minor crop, ou seja, uma cultura recente que ainda não possui uma grade de defensivos agrícolas registrados.
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