O manejo de plantas invasoras ou espontâneas, antigamente chamadas de plantas daninhas, deve ter o intuito de reduzir sua interferência e competição com a cultura principal. Assim, é recomendado que se faça um manejo integrado, utilizando-se de medidas de manejo que minimizem os danos causados por essas plantas. Dentre essas pode-se citar medidas preventivas, erradicação, controle cultural e biológico. Normalmente, o controle das plantas espontâneas é realizado com o coroamento das plantas utilizando-se enxadas, com cuidado para não ferir os cladódios ou danificar as raízes que são bastante superficiais. O uso de cobertura morta na linha é uma alternativa ao coroamento, tendo a vantagem de proteger as raízes superficiais e fornecer nutrientes para as plantas. Nas entrelinhas pode ser feita a roçagem mecânica. Não podemos usar enxada rotativa na entrelinha porque as plantas possuem sistema radicular superficial. Portanto é imprescindível não causar lesões nas raízes, evitando possíveis portas de entrada para patógenos.
Controle de plantas invasoras na linha e entrelinha usando cobertura morta, cobertura viva e roçagem mecânica.
Apesar da possibilidade de erradicar a vegetação espontânea com a aplicação de herbicidas, não deve ser feito em pomar de pitaya, pois ainda não há herbicidas registrados para a cultura no Ministério da Agricultura e Pecuária. As plantas espontâneas nativas da propriedade, nem sempre precisam ser erradicadas, pois são eficientes em formar cobertura do solo, porque já estão adaptadas a às condições inerentes àquele solo. No entanto, visando cobertura, também podem ser utilizadas plantas mais nobres, como gramíneas e leguminosas. Preferencialmente, sugere-se leguminosas, pois contribuirão fortemente com a adubação nitrogenada, devido à fixação biológica de nitrogênio. Dentre as leguminosas, o amendoim forrageiro (Arachis pintoi) tem se adaptado bem ao cultivo da pitaya, por ser planta perene como a pitaya, ter porte rasteiro, em média 40 cm de altura (facilitando o manejo de roçadas) e fixar de 80 a 160 kg de N/ha/ano, contribuindo com a nutrição da pitaya. Na região do Cerrado, as brachiárias são interessantes para a entrelinha porque produzem grande quantidade de raízes que melhoram as características físicas e biológicas do solo e também produzem biomassa aérea contribuindo para a ciclagem de nutrientes. Em sistemas altamente tecnificados, o uso do mulching plástico pode ser utilizado com benefícios de proteção de raízes, economia de água e manutenção da temperatura do solo.