As práticas de manejo e condução do sistema agroflorestal agroecológico tem como objetivo manter e aumentar sua capacidade produtiva, além de favorecer o uso eficiente dos recursos disponíveis (naturais, humanos e materiais).
Um bom manejo é o que vai garantir que os princípios e benefícios do SAF sejam de fato alcançados, como: ciclagem de nutrientes, cobertura e vida do solo, estratificação, sucessão ecológica e cooperação entre as espécies, de modo a termos um sistema produtivo economicamente viável e ecologicamente sustentável.
Lembre-se de que um bom desenho não terá sucesso sem um manejo adequado e vice e versa!