O próximo passo após a definição do objetivo é escolher as espécies de serviço e as de produção que serão utilizadas nos consórcios. Para nortear essa escolha é importante se atentar aos seguintes fatores:

 

• Características e aptidão do local: é importante considerar as condições do solo, regime de chuvas e relevo do local para identificar as culturas e as espécies com maior aptidão para compor a biodiversidade funcional.  Observar as espécies nativas que se desenvolvem bem no local é uma boa estratégia para escolher as espécies de serviço.

 

• Conhecer os princípios e as espécies: isso afetará a realização de um bom manejo, o qual pode maximizar os benefícios de cada planta do sistema. Quanto maior o número de espécies, mais complexo será o sistema, exigindo mais conhecimento sobre a dinâmica e o manejo.

 

• Recursos materiais: a quantidade e o tipo de recursos materiais disponíveis para o agricultor influenciam  as decisões sobre quais espécies serão plantadas e como elas serão manejadas. Alguns exemplos: o acesso a máquinas, implementos, ferramentas, a disponibilidade de mudas, sementes, outros propágulos, adubos, irrigação, entre outros.

 

• Mão de obra: a disponibilidade e as habilidades dos agricultores podem afetar a seleção das espécies. Em geral, a demanda por trabalho pode aumentar quanto maior a diversidade de espécies. Por outro lado, algumas espécies podem exigir manejos mais frequentes ou podem ter a madeira mais dura, sendo mais difíceis para o trabalho de poda do que outras. 

 

• Tamanho da Área: o tamanho da área de um SAF depende de vários fatores, como o objetivo do sistema, as espécies envolvidas, as condições climáticas, a disponibilidade de recursos e a escala de produção desejada. Sistemas em áreas menores podem ser trabalhados mais intensamente utilizando maior diversificação de espécies, enquanto áreas maiores tendem a ter consórcios mais simplificados e  arranjos espaciais que facilitem a mecanização e redução de manejos.

 

• Mercado: ao escolher as espécies é importante considerar a facilidade e as oportunidades para a comercialização dos produtos, nos diferentes estágios de desenvolvimento do sistema.

 

• Ciclo de Vida e Estratificação: ao desenhar um sistema agroflorestal, é essencial considerar a estratificação e sucessão ecológica das espécies envolvidas. Esses conceitos ajudam a definir quais plantas devem ser selecionadas para cada “camada” do sistema e como elas podem interagir ao longo do tempo. Alguns técnicos e agricultores usam tabelas que classificam as espécies em relação ao estrato e ciclo de vida.