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A sucessão ecológica é um processo natural que acontece quando algumas espécies dão lugar a outras ao longo do tempo, ou seja, quando as plantas de estágios mais iniciais completam seu ciclo e outras de estágios mais avançados da sucessão ocupam seu lugar. Em ambientes naturais, isso acontece de forma lenta por meio da ocupação inicial por plantas menos exigentes em nutrientes e que se desenvolvem em condições de maior luminosidade, temperaturas mais elevadas e baixa umidade, que aos poucos vão criando melhores condições para que espécies mais exigentes e de ciclos mais longos possam se desenvolver em condições mais favoráveis. Nos SAFs, o que buscamos fazer é acelerar e conduzir esse processo de sucessão, por meio do desenho, escolha adequada das espécies e manejos como as podas.
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A estratificação refere-se à distribuição vertical das plantas em diferentes níveis ou camadas, imitando a estrutura de uma floresta natural. Algumas plantas necessitam de mais luz e outras de menos: podemos observar isso nos diferentes estratos que compõem uma floresta, ou seja, árvores altas que ocupam o seu dossel (estrato superior), árvores de médio e pequeno porte, arbustos e plantas rasteiras. Usar a estratificação nos sistemas agroflorestais é otimizar o uso da energia solar e do espaço vertical pelas plantas agrícolas e de serviços (biodiversidade funcional), através de diferentes consórcios e arranjos.
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As características de produção dos SAFs, como a diversificação e a sazonalidade durante todo o ano e ao longo de vários anos, favorecem e possibilitam a comercialização direta de seus produtos com os consumidores. É crescente o número de consumidores conscientes que procuram uma alimentação mais saudável e valorizam agricultores familiares que adotam sistemas de produção sustentáveis como os SAFs agroecológicos.
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Os SAFs combinam diferentes espécies que podem produzir biomassa e melhorar o equilíbrio biológico. Dessa forma, reduzem e racionalizam o uso de fertilizantes químicos externos e a necessidade de agrotóxicos para o controle de espécies espontâneas, insetos, animais e organismos que podem causar danos e/ou prejudicar a produção.