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A aplicação da biodiversidade funcional nos SAFs se dá pelo uso de espécies que cumprem funções estratégicas para que ocorram processos e serviços ecológicos que contribuam para o melhor desenvolvimento e autorregulação do agroecossistema. Chamadas de espécies de serviço, elas podem desempenhar uma ou mais funções, como: fixar nitrogênio no solo, fornecer material orgânico através de podas, atrair polinizadores de diferentes espécies e também predadores naturais.
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Muito mais do que substrato para o crescimento e desenvolvimento das plantas, o solo é um ecossistema complexo, e como outros ecossistemas precisa estar em equilíbrio e saudável para que a vida prospere. Um solo saudável apresenta boas condições físicas, químicas e biológicas, que são alcançadas quando trabalhamos práticas que mantêm o solo coberto e aumentam o seu teor de matéria orgânica, contribuindo com a diversidade de vida.
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A ciclagem de nutrientes é uma dinâmica que ocorre naturalmente nos ecossistemas. Por meio dela, nutrientes essenciais para vida transitam entre o ambiente e os seres vivos, criando diferentes ciclos. Alguns exemplos são a fixação biológica de nitrogênio e a decomposição de material orgânico. Nos desenhos agroflorestais são utilizadas espécies que favorecem e potencializam a ciclagem de nutrientes, além de técnicas que aceleram esses processos, como as podas.
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Instituída em 2010, a PNATER é uma política pública que tem como objetivo promover a melhoria das condições de vida e o desenvolvimento rural sustentável. Contribui para a utilização adequada dos recursos naturais, a preservação do meio ambiente e incentiva a adoção dos princípios da agricultura de base ecológica em sistemas de produção sustentáveis.